只有不斷加強(qiáng)事業(yè)單位財(cái)務(wù)審計(jì)與內(nèi)部控制的管理制度，才能有效的發(fā)揮其在事業(yè)單位的監(jiān)督作用和把控影響，而想要健全事業(yè)單位的財(cái)務(wù)審計(jì)管理制度，則必須針對職能的劃分和職權(quán)的責(zé)任進(jìn)行詳細(xì)的劃分。將財(cái)務(wù)審計(jì)制度具體到個(gè)人，工作責(zé)任也具體到個(gè)人，讓相關(guān)的工作人員重視財(cái)務(wù)審計(jì)工作的重要性，從而起到加強(qiáng)事業(yè)單位財(cái)務(wù)審計(jì)工作的作用，幫助該部門樹立公正、透明的工作理念，避免因?yàn)槠渌獠恳蛩氐挠绊懚屖聵I(yè)單位的財(cái)務(wù)審計(jì)部門失去了其內(nèi)部控制的監(jiān)督、檢查作用。

對于預(yù)算執(zhí)行的有效把控是對我國社會主義經(jīng)濟(jì)化建設(shè)的重要貢獻(xiàn)，針對預(yù)算執(zhí)行階段的制度不完善，相關(guān)工作部門必須嚴(yán)重按照要求來完善預(yù)算執(zhí)行階段的內(nèi)部控制制度。首先，事業(yè)單位的內(nèi)部控制一定要真正的履行其責(zé)任和義務(wù)，對于事業(yè)單位的所有支出預(yù)算都進(jìn)行嚴(yán)重的審核和核算，嚴(yán)禁出現(xiàn)各種違章亂紀(jì)、資源浪費(fèi)的情況出現(xiàn)。另外，對于相關(guān)的項(xiàng)目的去出核算也要進(jìn)行嚴(yán)格的核算，一定要確保事業(yè)單位的每筆支出都要運(yùn)用到實(shí)處，并且做到有出處、有依據(jù)。在完善事業(yè)單位內(nèi)部控制制度時(shí)，一定要做到獎勵、懲罰并重，對于內(nèi)部控制工作做的好的工作人員進(jìn)行積極的獎勵，對于消極怠工、工作不負(fù)責(zé)任、不進(jìn)取的工作人員給予一定的懲處，以此來充分的調(diào)動內(nèi)部控制人員的良好工作積極性。

加強(qiáng)財(cái)務(wù)審計(jì)獨(dú)立性

事業(yè)單位財(cái)務(wù)審計(jì)的獨(dú)立性是確保其工作有效開展，以及保障事業(yè)單位廉潔性、高效性的重要保障，所以對于事業(yè)單位財(cái)務(wù)審計(jì)來講，一定要確保其獨(dú)立性的存在。針對財(cái)務(wù)審計(jì)的獨(dú)立性，相關(guān)領(lǐng)導(dǎo)首先要對其部門進(jìn)行配備專業(yè)的人員，并且保證其部門的獨(dú)立性。對于財(cái)務(wù)審計(jì)部門的工作人員，需要定期的展一些培訓(xùn)和教育工作，并對該財(cái)務(wù)審計(jì)部門的工作人員的工作內(nèi)容進(jìn)行詳實(shí)的規(guī)劃和設(shè)定，以此來促進(jìn)事業(yè)單位的穩(wěn)定發(fā)展和有效前進(jìn)。