企業(yè)內部控制財務審計需要注冊會計師采取從上到下的審計方式，在實施審計的時候要首先了解內部控制工作開展可能遇到的風險，并層層認定和篩選風險出現的根源，根據風險出現的根源來選擇對應的風險控制方式?？梢园l(fā)現，內部控制審計應用了傳統(tǒng)財務報表審計的關鍵思想，即風險導向審計思想，財務審計報告內部控制審計與財務審計報表審計所進行方法是相同的。

內部控制審計在實施的時候要求可以測試內部控制設計和運行的有效性。財務審計報表在審計的時候需要根據控制運行的有效性來確定審計程序的范圍、性質、時間。內部控制審計獲取控制設計和運行的參考和財務報表審計基本一致。

在財務報表審計工作中，注冊會計師為了能夠了解會計報表是否存在比較大的錯誤在實施報表審計管理的時候要優(yōu)先進行風險評估，其中，風險評估的一個關鍵內容是了解被審計對象的內部控制情況，在了解內部控制有效之后進行內部控制測試，通過測試注冊會計師會了解被審計單位內部控制實際情況，并為日后開展財務報告內部控制審計服務提供重要參考支持。在審計過程中注冊會計師還會了解被財務審計單位內部是否存在一些財務報告失誤的問題，結合這些問題為日后的內部控制指明方向。在財務審計報告內部控制審計的過程中，注冊會計工作者還會對被審計單位內部關鍵控制點進行審查，仔細發(fā)現影響內部控制的缺陷點，及時調節(jié)。這些內部控制的缺陷也是預示了會計報表對應賬戶中存在的問題，因而也就為注冊會計師審計財務報表的修改提供線索。